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飞行物体石之翼逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
当孤门和莉子相处很好的时候。
这时黑暗的力量向他发出警告，那时的孤门并不知道莉子和他认识的当天晚上就已经被沟吕木真也杀死并做成了人偶。
并且被赋予了黑暗浮士德的力量，而在之后，莉子一直潜伏在孤门身边，最终莉子为了保护孤门而为其挡下一击。
失去了浮士德力量的支持，莉子真正的死去。
孤门悲痛欲绝，后来又被沟吕木真也一步步的拉向黑暗，最终被准哥所阻止。
黑暗梅菲斯特与奈克赛斯经常交战，双方实力不相上下。
后来准哥悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，开始陷入苦战。
且经过多番的战斗下，准哥的身体已破损不堪，加上其随后被tLt捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。
黑暗梅菲斯特派出异生兽“库土拉”，引诱奈克赛斯到终焉之地决战。
被奈克赛斯多次营救的夜袭队也终于对奈克瑟斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线为奈克赛斯注入能量，
此时奈克赛斯灯灭濒死，仅靠准残留的意志支撑起身，完全被梅菲斯特压制。
奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。
在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承。
准哥消失后，异生兽依然继续出现，这时蓝色的奈克赛斯奥特曼站立于众人眼前。
战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。
从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。
孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
tLt亦对千树怜起了疑心，派出mp的野野宫瑞生跟踪怜。
不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。
在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为「普罗米修斯之子计划」有关。
在预知者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
作为「普罗米修斯之子计划」的失败作品，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力。
使奈克赛斯不能展开「美塔领域」，迫于无奈在现实世界作战。
梅嘎福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，「未知之手」只好利用过去所有异生兽合成最强异生兽依组麦儒。
这时候怜已与准一样被tLt捉拿实验到几近死亡（幸被夜袭队与吉良泽优所救）亦只好稍作休整便冒死出战。
奈克赛斯陷入苦战，危急关头下，幸好得到预知者鼓励，令奈克赛斯再次站起来并打败依组麦儒。
事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物「拉斐尔」及时完成，怜才得以续命。
怜之后，下一个便是你想必你也清楚，但就在这时石堀光彦亦露出了真面目。
想必你清楚他的所作所为而他这么做的目的是令你心中充满仇恨。
他把你给引到忘川激怒你让你变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此复活，而且因为你心中充满仇恨变得更强。
而这时，孤门不顾一切的救下了你，在这个过程当中，他成功的继承到了奈克瑟斯的力量在经过准哥，怜还有你的事。
使得他心中的那份光之力量达到了顶峰。
他成功的继承了这份光芒变身成为了诺亚将黑暗扎基给消灭掉了。
而这便是他的事迹，他是一个克服了自己的恐惧，战胜了自己的黑暗。
且拥有黑暗的力量但没有陷入到黑暗当中虽然这个过程当中有着一些人为的干扰。
但不可否认，他的确是变身成为了诺亚。
而且你要知道他的女朋友可是死了的，而她现在却需要原谅她。
你觉得他心中会没有黑暗吗？那是不可能的，但你看他现在除了揍了一顿沟吕木以外。
还做了什么其他的出格的事吗？
因为他明白这一切的幕后黑手是黑暗扎基。
是他促成了这一切悲剧的发生。
虽然他也恨着黑暗扎基，想要干掉黑暗扎基但。
他同样的心中抱着守护自己所爱的事物和所爱的人的心情来仇恨这黑暗扎基，但你不同。
你心中充满了负面情绪也就是报仇的情绪，这就是你无法变成诺亚的关键要素。
且你已经深陷其中，就算你改了过来，也无法变身诺亚。
我能说的只有这么多。”
说完，林风拍了拍西条凪肩膀走了出去。
西条凪在这一刻，总算明白了自己为什么没有这个资格，也总算明白了孤门有这个资格。
知道自己无法亲手报仇了，但自己的仇人还是会消失后。
他释然了决定为人类的未来而战，为了对抗异生兽西条凪跟着林风走了，出去准备进行训练去了，为之后的危机做准备。
而在一处黑暗空间内，黑暗扎基看着面前融合着地球上动物的异生兽细胞。笑得无比的张狂且邪恶。